Công ty mẹ

Công ty mẹ có hệ thống tổ chức bài bản, chặt chẽ bao gồm: Văn phòng, các Ban, Trung tâm chuyên môn, nghiệp vụ. Văn phòng đại diện của Công ty mẹ ở trong nước và nước ngoài. Các chi nhánh trực thuộc Công ty mẹ như: Công ty Xuất Nhập khẩu Vinashin; Trung tâm hợp tác đào tạo lao động với nước ngoài; Trung tâm Tư vấn đầu tư và Kiểm định xây dựng Vinashin. Đơn vị sự nghiệp có thu gồm: Trường Cao đẳng nghề Vinashin;Trường Trung cấp nghề Công nghiệp tàu thủy III; Trường Trung cấp nghề Công nghiệp tàu thủy VI; Tạp chí Công nghiệp tàu thủy

Các công ty con

Tổng công ty Công nghiệp Tàu thủy có 8 công ty con, gồm:

• Công ty Đóng tàu Phà Rừng;
• Công ty Đóng tàu Bạch Đằng;
• Công ty Đóng tàu Hạ Long;
• Công ty Đóng tàu Thịnh Long;
• Công ty Đóng tàu Cam Ranh;
• Công ty Công nghiệp tàu thủy Sài Gòn;
• Công ty Đóng tàu và Công nghiệp hàng hải Sài Gòn
• Công ty cổ phần Đóng tàu Sông Cấm.

Thời kỳ Vinashin, tập đoàn nắm giữ 51% vốn điều lệ của Công ty cổ phần Thương mại và Dịch vụ văn phòng Vinashin và cung cấp 100% vốn điều lệ cho 14 công ty con khác. Ngoài ra tập đoàn còn có 22 Công ty cổ phần; 13 đơn vị hạch toán phụ thuộc; 11 Công ty liên doanh; 7 Đơn vị sự nghiệp có thu; 7 Đơn vị phụ thuộc; 30 Công ty cổ phần do tập đoàn giữ cổ phần chi phối[7]. Trong thời kỳ phình to nhất, trong cơ cấu của Vinashin có tới hơn 250 doanh nghiệp các loại. Theo đề án tái cơ cấu Vinashin được Chính phủ phê duyệt, Vinashin và sau đó là Tổng công ty Công nghiệp Tàu thủy phải thực hiện sắp xếp lại 234 doanh nghiệp thuộc cơ cấu của mình trước đây theo hướng không duy trì trong cơ cấu tổng công ty. Trong đó, 69 doanh nghiệp bị cổ phần hóa, bán chuyển nhượng vốn, chuyển giao, sáp nhập và 165 doanh nghiệp bị đem bán, giải thể, phá sản.[8]